Oxidačné dezinfekčné prostriedky sú vo všeobecnosti silné oxidačné činidlá. Zabíjajú mikroorganizmy oxidáciou enzýmov úzko súvisiacich s metabolizmom v mikroorganizmoch, ako je kyselina chlórna a atómový kyslík, ktoré produkujú.
Dezinfekčné prostriedky na báze peroxidov{0}} a chlóru sú bežne používané oxidačné činidlá pri skladovaní potravín. Oba majú silné oxidačné schopnosti a dokážu účinne zabíjať mikroorganizmy v potravinách. Peroxidy primárne zabíjajú mikroorganizmy uvoľňovaním vznikajúceho kyslíka so silnou oxidačnou silou počas rozkladu, zatiaľ čo dezinfekčné prostriedky na báze chlóru- zabíjajú mikroorganizmy silným oxidačným účinkom ich účinných chlórových zložiek. Potom, čo účinný chlór prenikne do mikrobiálnych buniek, zničí sulfhydrylové skupiny enzýmových proteínov a nukleoproteínov alebo inhibuje enzýmy citlivé na oxidáciu, čo vedie k mikrobiálnej smrti.
